FABUŁA

Shepard stawia się przed Radą wraz z Andersonem w Londynie na Ziemi. Kapitan David Anderson, bohater wojenny. Były kapitan statku Normandia. Prawie udało mu się zostać pierwszym ludzkim Widmem, Saren zniszczył tę możliwość.
Natomiast Shepard po pokonaniu Ludzkiego Żniwiarza został odsunięty od służby do czasu wyjaśnienia sprawy Batarian.
Admirał Hacketta powierzył mu misję. W przestrzeni Batarian została ukryta dr Amanda Kenson, działała pod przykrywką. Posiadała ona dowody na nieuchronną inwazję Żniwiarzy.
Oficjalne stanowisko Sojuszu w sprawie Żniwiarzy, twierdzą, że oni nie istnieją.
Została pojmana przez Batarian i oskarżona o terroryzm.
Zadaniem Shepard jest zinfiltrowanie więzienia i uwolnienie dr Kenson. Misję ma zrealizować sam, bez wsparcia. Więzienie znajduje się na planecie Aratoth. Komandor dociera tam za pomocą Kodiaka. Kodiak jest wahadłowcem personalnym Systemu Sojuszu, ale też używa go Cerberus.
Poruszając się korytarzami w dół, na swojej drodze spotyka Varrena. Varreny pochodzą z planety Krogan Tuchanki, są dzikie, klanowe i wszystkożerne.
Idąc dalej, spotyka Batarian, ale ich nie atakuje, bo może zostać wykryty przez wroga. Shepard z ukrycia obserwuje, jak dr Kenson jest prowadzona do Sali przesłuchań. Komandor mija strażników, którzy twierdzą, że przesłuchanie człowieka nie ma sensu i najlepiej się jej pozbyć. Mijając kolejne pomieszczenia, Shepard podsłuchuje Batarian mówiących o przekaźniku, którego nie można zniszczyć i że w pasie asteroid znaleziono artefakt. Podążający dalej Komandor trafia na kolejnych strażników, którzy rozmawiają o tym, że ktoś próbował rozbić asteroidę w przekaźniku masy, ale udało się ich powstrzymać.
Zanim Shepard dotrze do doktor, natrafia na dzienniki i dowie się z nich, że dr Kenson ostrzega przed Żniwiarzami. W końcu Protagonista dociera do niej, nokautuje strażnika i uwalnia doktor oraz przekazuje jej broń. Włącza się alarm, nadciągają Batarianie. Dr Kenson znalazła wyjście, jest nią winda.
Dalsza droga jest przez zamknięty hangar Shepard i dr Kenson muszą go otworzyć. Zamki przy hangarze są wybuchowe, Komandor do nich strzela i odlatują skradzionym promem. Już w promie dr Kenson ustawia autopilota i odpowiada na pytania Sheparda, z których wynika, że znalazła ona artefakt Żniwiarzy. Miała ona wizję jak Shepard na Eden Prime, z której dowiedziała się o ataku Żniwiarzy. Wspomni, że należy zniszczyć przekaźnik masy za pomocą asteroidy, za którym żyją Batarianie, może to opóźnić atak Żniwiarzy. Shepard chce dowodu, zatem doktor ustawia kurs na Bazę Projektu i uprzedza laboratorium, że będą mieli gościa.
Będąc w bazie, Shepard zauważa zegar, pyta o jego znaczenie. Dowiaduje się, że od kiedy odkryli artefakt, pojawiły się impulsy, które zmniejszają się w stałym tempie. Doktor sądzi, że artefakt reaguje na Żniwiarzy i zwiastuje ich przybycie. Komandor dociera do artefaktu. Nie jest niczym zabezpieczony, znajduje się na otwartej przestrzeni. Shepard przejął się i ostrzegał, że to niebezpieczne tak go trzymać na widoku. Doktor nie ma nic przeciwko temu i proponuje mu, by zobaczył wizję.
Widzi w niej atak Żniwiarzy. Podstępnie dr Kenson go atakuje, lecz udaje mu się odeprzeć natarcie. Okazuje się, że zarówno ona, jak i załoga są zindoktrynowani. Shepard zostaje ogłuszony i upada.
Kenson zażąda od personelu przeniesienia Komandora do laboratorium i wyleczenie go, bo potrzebują go żywego. W laboratorium Shepard budzi się i ogłusza dwóch strażników. Nie ma możliwości wyjścia, blokuje go bariera. Zauważa Mecha Loki i konsole do sterowania nimi. Uruchamia go i prowadzi do drzwi i odblokowuje je.
Shepard odzyskuje swój sprzęt. Dociera do miejsca, w którym jest zegar odliczający czas przybycia Żniwiarzy. Pozostało 1,5 godziny. Toczy walkę z zindoktrynowanym personelem. Dostaje się do sterowania silnikiem. Tutaj gracz ma do wyboru dwie opcję: wezwanie Normandii i ucieczka czy ostrzeżenie Batarian.
Nadal pozostanie kwestia powstrzymania dr Kenson. Shepard idzie za nią do rdzenia reaktora. Po krótkiej rozmowie dowiaduje się od dr Kenson, że ona umrze, znając błogosławieństwo Żniwiarzy, a Shepard po prostu umrze, po czym nasyła swoich strażników.
Shepard pyta Wirtualną Inteligencję placówki jak ustabilizować rdzeń. Należy umieścić pręt chłodzący ręcznie i uruchomić chłodzenie, wówczas ustabilizuje to rdzeń. Ponownie dr Kenson próbuje powstrzymać Sheparda i rzuca mu wyzwanie, że może jeszcze przejąć kontrole nad silnikami. Komandor celuje w nią bronią, nadal się nie poddaje. Wyciąga detonator i wysadza się w powietrze, a Sheparda odrzuca eksplozja i nokautuje.
Budzi się i wzywa drogą radiową Jokera. Niestety nie udało mu się z nim skontaktować, przez wybuch została uszkodzona wieża komunikacyjna. Shepard pyta Wirtualną Inteligencję jak ma się wydostać, zostaje poinformowany, że jedynie poprzez pozostałe wahadłowce. Wirtualna Inteligencja wskazuje mu drogę i ma on niewiele czasu, by się tam dostać.
Zaczyna się wyścig z czasem. Dostaje się do wahadłowców. Wszystkie już odleciały, ale Wirtualna Inteligencja poinformuje, że można ręcznie włączyć wieżę komunikacyjną. Shepard kontaktuje się z Normandią, ale pojawia się Zwiastun. Zwiastun nazywa Shepardem utrapieniem. Nie ważne czy zniszczy przekaźnik, przez który może opóźnić przybycie Żniwiarzy i tak inwazja jest nieuchronna. Nadlatuje Normandia i zabiera Sheparda z placówki. W ostatniej chwili przekraczają przekaźnik masy, który zostaje zniszczony przez asteroidę, opóźniając Żniwiarzy.
Shepard po misji samobójczej zabijając Ludzkiego Żniwiarza, zostaje wezwany na spotkanie z Radą, a wcześniej zostaje odsunięty od obowiązków Komandora. Musi wyjaśnić, dlaczego zniszczył przekaźnik i zostawił Batarian. W zależności co wybraliśmy czy ich ostrzegliśmy, czy wezwaliśmy Normandię i tak musi się z tego tłumaczyć.
W trakcie przesłuchania następuje atak ze strony Żniwiarzy. Budynek, w którym się znajduje, ulega częściowemu zniszczeniu. Anderson pomaga wydostać się Shepardowi z budynku i razem uciekają. Czeka nowy rodzaj wrogów – kanibale. Jest to odmiana zombie, połączenie Batarian i ludzi. W drodze ucieczki widzi ukrytego przerażonego chłopca. Shepard go ratuje i dostarcza na prom odlatujący z Ziemi. Sam przedziera się do lądowiska, z którego zabierze go statek. W momencie odlatywania prom, na którym znajduje się chłopiec, zostaje zaatakowany przez Żniwiarzy i zniszczony. Shepard przeżywa ten moment. Uratował chłopca, który potem został zabity przez Żniwiarzy.
Andersonowi udało się przywrócić uprawnienia Widma Shepardowi. Odzyskuje Normandię, a sam Anderson został na Ziemi, walcząc ze Żniwiarzami. Co jakiś czas relacjonuje Komandorowi, jak jest na Ziemi i pomaga w kilku kwestiach.
Główne zadania Shepard otrzymuje od Admirała Hacketta.
Pierwszą misją Komandor otrzymaną od Admirała Hacketta jest lot na Marsa, gdzie znajduje się Proteańskie Archiwum.
W nim znajdują się schematy Proteańskiej superbroni zdolnej do zabicia Żniwiarzy. Jest to tzw. Tygiel.
Shepard dotarłszy na miejsce, zorientował się, że placówką zawładnął Cerberus. Jeżeli podczas misji samobójczej Protagonista zdecydował się zniszczyć Ludzkiego Żniwiarza, Cerberus stał się jego wrogiem. Chcą oni kontrolować Żniwiarzy.
W środku Shepard natrafia na byłego członka drużyny Liarę T’Soni. Pomaga jej w walce z żołnierzami wroga, którzy ją ścigają. Archiwum znajduje się po drugiej stronie kolejki. Docierając do niej, Komandor natrafia na kolejnych żołnierzy Cerberusa, jego zadaniem jest pokonanie ich i przejęcie kolejki. Dociera do archiwum kolejką razem z drużyną. Okazuje się, że schematy Protean m.in. Tygla pozyskał przed Shepardem Człowiek Iluzja za pośrednictwem dr Evy Coré.
Fembot, stworzony przez Cerberusa. Przybyła przed atakiem Żniwiarzy do Archiwum. Zinfiltrowała placówkę i pozbyła się wszystkich naukowców, po czym przejęli ją żołnierze Cerberusa. Komandor całe zajście widział na nagraniach z placówki.
Zaczyna się pościg za dr Evą i schematami Tygla. Shepard w trakcie pościgu, mija przeszkody i pułapki. Dogania ją w końcu przy promie. Zestrzeli ją i uratuje członka drużyny, którym próbowała się zasłonić. EDI sugeruje, wzięcie jej ciało na Normandię.
Shepard uczestniczy w spotkaniu z Ambasadorem Ludzkości Donnel Udina. Jego misją jest zwiększenie wpływów ludzi gdzie tylko może. Bez konkretnych dowodów nie podejmuje żadnych działań. Broni swojej pozycji i często gra politycznie. W spotkaniu uczestniczy również rada składająca się z Asari, Turianina i Salarianina. Komandora zadaniem jest przekonanie członków rady do wsparcia w walce przeciwko Żniwiarzom na Ziemi. Razem z Liarą pokazują im plany Tygla, broni stworzonej przez Protean przeciwko Żniwiarzom. Jak zwykle rada nie wierzy w działania Sheparda i odmawia mu pomocy, twierdząc, że sami muszą bronić własnych planet.
Po spotkaniu Komandor udaje się do gabinetu Udiny. Tam czeka członek rady Turianin. Sugeruje, że Shepard powinien udać się na Palaven i przekonać do swoich działań Prymarchę.
Na czele systemu Turian stroi Prymarcha, który zarządza konkretnym obszarem kolonialnym. Gdy Komandor go przekona, Turianie wesprą go w walce ze Żniwiarzami. Przysługa za przysługę. Rada również zgodziła się przywrócić Shepardowi status Widma a wraz z nim przywileje, które wcześniej miał. Stracił on status, do wyjaśnia sprawy z Batarianami.
Po spotkaniu Komandor udaje się na Normandię odpocząć. Ma sen o chłopcu, który zginął na Ziemi podczas ataku Żniwiarzy. Biegnie za nim w głąb lasu, nie może go dogonić. Im jest bliżej, on zaczyna się coraz bardziej oddalać. Budzi się zaniepokojony snem.
Postanawia ruszyć na Palaven do Prymarchy. Pierwsze kroki Shepard kieruje do dowództwa. Od Dowódcy garnizonu dowiaduje się, że Prymarcha nie żyje i mają problem z wieżą komunikacyjną. Komandor deklaruje, że ją naprawi. W trakcie naprawy jeden członek drużyny zostaje oddelegowany do naprawy a Shepard i drugi członek drużyny bronią wieży przed zombi. Dowódca informuje, że został mianowany nowy Prymarcha Adrien Victus. Komandor podjął się obrony lotniska. Na jego terenie pojawi się Grasant. Grasant to rodzaj zombi stworzony przez Żniwiarzy z ciał Turian. Potrafią regenerować pancerz kanibalom i zombie. Gdy lotnisko zostaje oczyszczone, Komandor pomaga w obronie na posterunku, używając w tym celu stacjonarnego działka. Odpiera kolejne ataki zombi. Pojawia się brutal, zombi stworzone przez Żniwiarzy. Połączenie Krogan i Turian. Krogański krwawy szał z wojskowymi umiejętnościami stwarza potężnego wroga do pokonania.
Shepard z drużyną kieruje się do nowego Prymarchy. Informuje go, jak sytuacja wygląda i wracają do obozu. Garnizon zaatakował brutal. Komandor ma za zadanie przekonania Victusa do tego, że jest niezbędny do walki ze Żniwiarzami, aby Turianie mogli się włączyć. Zgadza się pomóc.
Na Normandii Shepard otrzymuje komunikat od Jokera, że EDI się dziwnie zachowuje. EDI jest sztuczną inteligencją statku i znajduje się w rdzeniu SI. Wchodząc do pomieszczenia, Protagonista zauważa poruszający się fembot dr Evy. Okazuje się, że EDI przejęła nad nią kontrolę i od teraz może towarzyszyć Shepardowi w misjach fizycznie, a nie jak dotychczas.
Odbywa się spotkanie Kroganina, Salarianina i Turianina na Normandii, jako że statek jest neutralnym miejscem. Shepard próbuje skłonić Salarianina i Kroganina do walki ze Żniwiarzami, ale nie jest to łatwe zadanie. Gdyż Kroganin żąda od Salarian wyleczenia z Genofagium. Przedstawicielem Krogan o ile przeżył poprzednie części, jest Urdnot Wrex. Kluczem do wyleczenia są samice Krogan, które znajdują się na Sur’Kesh.
Po skończonej rozmowie Shepard zmierza do placówki, w której badania przeprowadzają Salarianie.
Będą na miejscu, spotyka Mordina Solusa, twórcę drugiej generacji genofagium i byłego członka zespołu. Postanawia pomóc przy uwolnieniu samic Krogan. Do placówki wdzierają się żołnierze Cerberusa. Zadaniem Sheparda staje się ochrona jedynej samicy Krogan, która pozostała. Transport będzie odbywał się windą, Komandor z drużyną będzie bronić każdego piętra, przez które będzie transportowana. Na ostatnim piętrze pojawia się Atlas. Jest to duży Mech stworzony przez Cerberusa i wyposażony w wyrzutnie rakiet i pazur.
Przebywają już na Normandii, sprawdzamy samicy Krogan stan zdrowia i dowiadujemy się trochę o nich, również o niej samej. Urodziła się jako Urdnot Bakara, ale odrzuciła to imię w momencie, w którym została szamanką klanu. Na statku nazywali ją Ewą. Samice Krogan uodporniły się na genofagium, więc powołano naukowców, w tym Mordina celem modyfikacji obecnego wirusa, w taki sposób by organizm, nie mógł się przed nim bronić. Maelon były uczeń Mordina z własnej woli opracowywał antidotum na genofagium w siedzibie Krogan. Jeżeli nie zostały zniszczone efekty jego pracy, okaże się, że kilka samic przetrwało eksperymenty.
Oddziały do zadań specjalnych (OZS) przeniosło je na Sur’Kesh rodzinną planetę Salarian. Po cichu Mordin przekazuje informację do lidera klanu Urdnotów w tym przypadku, jeżeli przeżył do Wrexa. Czym wywołał presję polityczną. Cerberus chce zapobiec sojuszu Krogan, Turian i Salarian przeciwko Żniwiarzom dlatego atakuje placówkę i chce odzyskać samice Krogan.
Dalatrasa Salarianin zasiadający w Radzie Cytadeli obawia się, że Kroganie będą chcieli się zemścić na nich i Turianach za genofagium. Postanawia uniemożliwić rozprowadzenie antywirusa. Informuje o swoich działaniach Sheparda i od niego zależy, jak postąpi. Shepard może ukryć ten fakt, wówczas będzie miał wsparcie Salarian lub poinformować o tym Mordina a on wykryję usterkę i postanowi ją naprawić, co skończy się jego śmiercią.
Ma świadomość, że genofagium i jego modyfikacja były złym posunięciem, dręczą go wyrzuty sumienia i postanawia się poświęcić. Można również przekonać Mordina, do aplikowania lekarstwa, wówczas będzie udawał swoją śmierć i dołączy do budowy Tygla.
Po powrocie na Normandie Wrex cieszy się z wyleczenia genofagium i informuje o przekaźniku Raknii, znajdujący się na planecie Utukku. Shepard ma tam polecieć, pomóc elitarnemu oddziałowi Krogan.
Będąc już w obozie Krogan runie tunel. Komandor podąża alternatywną drogą prowadzącą przez tunel wraz z miotaczem ognia w celu pozbyć się sieci i zarodników. W pewnym momencie trafia na otwartą przestrzeń a tam znajdzie nowy typ wroga – Pustoszyciel. Jest to kolejna odmiana zombi stworzona ze zmutowanych Raknii przez Żniwiarzy. Wyposażone są w dwa działka dalekiego zasięgu i wypuszczają serie trzech pocisków naraz. Posiada również worki jajowe, z których wykluwają się wyrojony.
Po ich wyeliminowaniu wybuchają. Przedziera się dalej przez sieci, zarodniki i zombi. Na kolejnym terenie otwartym oprócz Pustoszycieli są kanibale, które rzucają granatami. Komandor kieruje się dalej do centralnej komnaty. Dociera do królowej Raknii. Shepard musi dokonać kolejnego wyboru, tutaj zadanie dla gracza. Jeżeli Królowa przeżyła w pierwszej części i postawia gracz jej pomóc, to ona pomoże również Shepardowi w walce ze Żniwiarzami lub można pozostawić ją na pewną śmierć. W takim wypadku zyska oddział Krogan, ale tracą Raknii. W momencie, gdy w pierwszej części gracz nie ocalił Królowej Raknii, w jej miejsce pojawi się twór stworzony przez Żniwiarzy. Gdy Shepard zostawi ją przy życiu, straci kompanie, a królowa na chwile wesprze jego zasoby, po to, by za chwile odejść lub pozostawia ją na pewną śmierć.
Powróciwszy na Normandzie Prymarcha Victus ma do Komandora prośbę. Chce, żeby odnalazł ocalałych z plutonu na Tuchance. Będąc na miejscu, rusza na pomoc plutonowi. Turianie są atakowani przez zombi, kanibale oraz kosiarza. Kosiarz jest kolejną istotą stworzona przez Żniwiarzy, która również była wykorzystywana podczas inwazji na galaktykę. Wyposażony jest w działa na głowie, posiada tylko pancerz. Kosiarz jest istotą latającą, więc nie jest łatwym celem.
Shepard i jego zespół pokonują przeciwników i udają się do Turian. Wśród nich jest syn Prymarchy porucznik Tarquin Victus. Cerberus chce zdetonować bombę celem zniszczenia zarówno Tuchanki, jak i Krogan. Turianie nie chcą do tego dopuścić, dlatego wysłali zespół do rozbrojenia bomby. Porucznik stracił większą część ludzi, bo wybrał bezpieczną drogę przez ruiny i to był jego błąd. Przyznaje się do pomyłki przy wyborze drogi i chce wrócić, ale Shepard przekonuje go, by się nie poddawał.
Bomba jest umieszczona w gęsto zaludnionym terenie, więc straty będą poważne. Shepard dostaje się na wieże. Rozbrojenie jej zajmie trochę czasu zatem Shepard i jego drużyna bronią konsoli, przy której porucznik stara się rozbroić bombę. Uruchomiło się samozniszczenie i należy rozbroić ją ręcznie, czego podejmuje się porucznik Victus. Wyjmuje ogniowo ręcznie, ale traci równowagę, spada, a na niego zbudowana przez Cerberusa wieża. Ponosi śmierć. Garrus uznaje to za śmierć honorową.
Przebywając na Normandii Komandor, dowiaduje się, że bomba była podłożona przez Turian przeciwko Kroganom wiele lat temu. Cerberus pozyskał o tym informację i chciał to wykorzystać do swoich własnych celów. Wskutek czego dochodzi do kłótni między Wrexem a Prymarchą. Shepard musi ugasić kolejny pożar. Udaje mu się przemówić im do rozsądku. Mają większego wroga do pokonania Żniwiarza. Szkoda czasu na bezsensowe kłótnie. Przyznają mu rację. Victus stwierdził, że jego syn zginął z szacunku do swoich ludzi, a jego poświęcenie zapisze się na kartach historii.
Przed ponownym lotem na Tuchankę Komandor opracowuję strategię rozpylenia antidotum na genofagium. Przeszkodą są Żniwiarze strojący na drodze. Z powietrza zajmą się nimi Turianie, lądowo Shepard wraz z Kroganami. Przed samą misją próbuje jeszcze przekonać Protagonistę Radny Salarianin z Cytadeli, by nie rozpylać lekarstwa na genofagium. Dodatkowo informuje nas, że specjalnie lata temu Salarianie uszkodzili Całun po to, żeby nie można było go użyć. Naturalnie Mordin wykryję usterkę i jest, w stanie ją usunąć. Decyzją gracza będzie czy poinformować o tym fakcie pozostałych. Radna również poinformuje, że Salarianie mogą tak zmodyfikować lekarstwo, a dokładnie jego żywotność, by nikt nie zauważył zmiany i nie podejrzewał Sheparda o spisek przeciwko użyciu lekarstwa, a wówczas zyska Salarian w wojnie ze Żniwiarzami.
W promie Ewa zauważa, że Shepard bije się z myślami. Próbuje powiedzieć jej o Radnej, ale się nie udaje. Lądują w świętym miejscu Krogan. Należy chronić Ewę przed zagrożeniem. Komandor spotyka się z bratem Wrexa na Pustkowiu Świętej Ziemi Krogan. Ma obiekcję względem Mordina, ale zostaje on obroniony przez Wrexa. Również wtrąca się Ewa, samica Krogan, która przemawia im do rozumu.
Poruszają się opancerzonymi pojazdami Krogan. W pojeździe w końcu Shepard mówi o sabotażu Salarian Ewie, Wrexowi i Mordinowi. Mordin już szybko opracował plan naprawy tego. W trakcie jazdy nagle się zatrzymują. Droga jest zablokowana. Turianie już zaczęli atak na Żniwiarza drogą powietrzną, nie dało się ich zatrzymać.
Turianin nie zapanował nad myśliwcem i uderzył w ciężarówkę opancerzoną. Ochrona Ewy jest priorytetem, gdyż jest jedyną samicą Krogan odporną na genofagium. Ewa wpadła na pomysł. Miażdżypaszcza sprowokowany zaatakuje Żniwiarza. W tym celu należy użyć młotów poprzez ich aktywację. Shepard rusza do nich poprzez katakumby.
W katakumbach panują egipskie ciemności i na ścianach są dawne malowidła związane z Kroganami. Wychodząc na zewnątrz na plac, Komandor idzie dalej i dociera do posągu Krogan. Jego zadaniem jest aktywacja dwóch młotów po lewej i po prawej stronie. Żniwiarz tego nie ułatwi. Wyśle kapsuły z brutalami. Aktywowane młoty sprowokują Miażdżypaszcze do ataku na Żniwiarza.
Gracza czeka decyzja odnośnie do dalszego działania. W przypadku gdy poinformujemy Wrexa, Ewę i Mordina o tajemnicy Dalatrasy, Mordin naprawi usterkę, rozprzestrzeni szczepionkę na genofagium, a sam zginie w wieży. Postąpi tak, gdyż dręczą go wyrzuty sumienia za zmodyfikowanie wirusa i twierdzi, że nie powinno do tego dojść. Wówczas Shepard zyska wsparcie ze strony Krogan i Turian. W momencie, gdy nie zdradzi pozostałym tajemnicy Dalatrasy, ale powie Mordinowi, obejdzie usterkę i zginie w wieży. Również zyska zasoby Krogan i Turian, bo genofagium zostanie wyleczone. W momencie, gdy zostanie wybrana ścieżka renegata, Komandor może nie dopuścić do rozpylenia leku. Postrzeli Mordina i rozpyli fałszywą szczepionkę. Opcja dostępna, gdy Ewa żyje. W momencie, gdy Ewa nie przeżyła, a Wrex zginął w pierwszej części, niewyjawienie nikomu tajemnicy Radnej Salarian również doprowadzi do aktywacji fałszywej szczepionki. Wtenczas Shepard uzyska wsparcie Salarian.
Po rozpyleniu szczepionki Wrex zabiera Protagonistę do katakumb i opowiada o zdradzie jego ojca. Próbował go zabić oraz informuje, że ma pełne wsparcie ze strony Krogan w wojnie ze Żniwiarzami i wesprą Turian na Palavenie. Powróciwszy z Tuchanki Shepard, rozmawia z Prymarchą, on również okazuje wsparcie w budowie Tygla ze strony Turian. Garrus radził Shepardowi iść przespać się po misji na Tuchance.
Kolejny raz śni mu się chłopiec. Kolejny raz próbuje go dogonić, ale ile razy się do niego zbliża, on się oddala.
Chcąc wylądować na Cytadeli i komunikują się z wieżą z prośbą o zgodę na dokowanie, otrzymują ciszę. Nie ma komunikacji z wieżą tylko krótki komunikat nagrany na kanałach alarmowych. Odzywa się Thane i przekazuję o ataku przez Cerberus. Zablokowali port i nie można dokować.
Thane i Ashley/Kaiden uciekli ze szpitala. Ashley/Kaiden do rady, natomiast Thane do SOC. Shepard decyduje się lecieć promem w pobliże kwatery SOC.
Na miejscu Komandor Bailey zostaje ranny przez żołnierzy Cerberusa. Bailey oznajmia o sytuacji. Próbował odbić SOC, ale mu się nie udało. Jako pierwsze miejsce zaatakował je Cerberus. Radni się rozdzielili. Wychodzi na to, że na Cytadeli jest zdrajca współpracujący z Cerberusem. Radny miał spotkać się z Egzekutorem.
Komandor z drużyną kierują się do biura egzekutora. Na miejscu był Salariański radny, niestety egzekutor nie żyje wraz z nim jego Salariańscy ochroniarze. Zaatakował ich Kai Leng podczas ucieczki. Były żołnierz N7. Ma ksenofobiczną postawę. To i męstwo Lenga zwróciło uwagę Cerberusa i Człowieka Iluzji. Człowiek Iluzja używał go do tzw. mokrej roboty przez ponad dziesięć lat. Jest bezwzględny, metodyczny i dyskretny. Głównie pracował jako zabójca i infiltrator. Posiada również modyfikację cybernetyczne. Shepard staje w obronie Radnego. Do walki z nim z zaskoczenia bierze go Thane. Na nieszczęście Thana ten go rani i ucieka celem odszukania pozostałych członków Rady.
Komunikując się z Baileyem, otrzymają informację, że Radni są w Prezydium. Komandor dostaje się tam promem. Kai nie odpuszcza. Skacze na prom i atakuje. Zdoła go tylko uszkodzić i uciec innym promem. Shepard ląduje awaryjnie na budynku Cytadeli. Nic nikomu się nie stało.
Od Baileya dowiaduje się, że z Radą jest Udina. Kierują się do promów, musi go ubiec, by nie zdążył być w polu rażenia zabójcy. Po drodze do promu walczą z żołnierzami Ceberusa. Wśród nich jest Duch. Duchy są szybkie, zwinne i posługują się głównie bronią białą. Posiadają kamuflaż i barierę ochronną. Muszą się przebić przez wrogów do windy.
Windę zabiera Leng. Shepard musi ją zatrzymać i dotrzeć pierwszy do Rady. W szybie windy, żeby spowolnić Kaia, niszczy kanały zasilające. Winda z Radą się zatrzymuje.
Okazuje się, że prom, którym mieli odlecieć, został zniszczony. Następuje spotkanie Ashley/Kaidena z Shepardem i drużyną. Udina próbuje się jak zwykle ratować z opresji i oskarża Sheparda, że jest z Cerberusa. Wspomniana jest współpraca Sheparda z Cerberusem. Udina chce odblokować windę. Powstrzymuje go Radna, a on ją popycha i mierzy z broni. Wychodzi zdrada z jego strony. Ashley/Kaiden zależy, kto przeżył, strzelają do niego. Leng nie zdążył przybyć na miejsce, za to pojawia się Bailey. Wniosek jest jeden, nie wiadomo, dlaczego Człowiek Iluzja zdecydował się zaatakować Cytadelę i pozbyć się rady. Leng uciekł tunelami opiekunów. Od Bailey przekazuje, że Thane przeszedł operację, lecz jest w ostatnim stadium choroby. Jest za mało krwi do transfuzji na Cytadeli, a jego syn niewiele mógł zdziałać. Komandor udaje się do niego, chcą się pożegnać.
Najpierw Thane odmawia modlitwę, a potem razem z Kolyatem, Shepard. Po pożegnaniu z Thane Ashley/Kaiden żąda wyjaśnień. Udina wcześniej zaproponował status Widma Ashley/Kaidenowi i dlatego był/ła zamieszana/y. Hackett zaproponował wsparcie jego oddziału, ale bardziej Ashley/Kaiden wolą Normandię. Shepard się zgadza i tym sposobem ma nowego i jednocześnie starego członka drużyny.
Shepard rozmawia z Hackettem i Andersonem o Kai Lengu. Okazuje się, że Anderson go znał z przeszłości. Postrzelił go w obie nogi, a Cerberus przywrócił mu sprawność i dodał coś od siebie. Rada odwdzięcza się za uratowanie im życia i deklaruje wsparcie Asari i Salarian.
Komandor otrzymał informację, że Quarianie chcą rozmawiać o wsparciu w walce ze Żniwiarzami. W tym celu Shepard uda się na flotę Quarian znajdującą się na Mgławicy Perseusza. Spotkanie odbywa się na Normandii. Pierwsza wchodzi Admirał Raan ciotka Tali wraz z Admirałem Han’Gerellem i przekazują, że próbowali odzyskać swoją ojczystą planetę Rannoch. Dodatkowo przybyli z nimi jeszcze dwóch Quarian. Naruszyli traktat z Radą. Quarianie nie mieli prowokować Gethów, ale chcieli odzyskać swoją ojczystą planetę i zaawansowaną technologię SI. A stracili ją przez to, że przegrali z Gethami. Uznali, że wojna ze Żniwiarzami jest dobrym momentem na odzyskanie planety, gdyż Rada nie ma czasu zakładać sankcję za złamanie przez nich traktatu. Obok planety jest pancernik Gethów, nadaje on sygnał. Jego uzbrojenie przewyższa floty Quarian.
Normandia jest wyposażona w cichy napęd, więc może się niepostrzeżenie zbliżyć do pancernika i wyłączyć sygnał Żniwiarzy. Wszystko po to by floty Quarian, które próbowały odbić ojczystą planetę, mogły uciec przez przekaźnik masy. Wśród Quarian jest nowy Admirał, który pomoże wykonać misję Sheparda – Tali’Zorah.
Po spotkaniu Tali wspomina, że tytuł Admirała to zwykła formalność. Tak naprawdę jest ekspertem od Gethów. Quarianie mają największą flotę w galaktyce zatem wykonanie dla nich misji ratunkowej, wspomogłoby walkę ze Żniwiarzami.
Komandor każe uruchomić cichy napęd i zbliżyć się do pancernika celem odnalezienia źródła sygnału i wyłączenia go.
Nie ma bezpiecznego lądowania promu. Zatem Shepard idzie sam celem zabezpieczenia drogi dla pozostałych członków drużyny. Pancernik jest ogromny i Komandora czeka spacer do śluzy. Część śluzy odłączyła się od reszty i nie ma możliwości dokowania. Protagonista musi znaleźć inny sposób na połączenie się z oddziałem.
Będąc już na miejscu, Tali oznajmia, że jest jeszcze jeden przewód dokowy. W drodze do niego Komandor znajduje dane o Gethach, sprzęt i inne wyposażenie. Dostał się na drugi koniec i uruchamia przewód dokowy. Tym sposobem wpuszcza resztę drużyny. Zadanie polega na odnalezieniu centrum operacyjnego. Gethy spotkane na pancerniku są pod całkowitą kontrolą Żniwiarzy. By Gethy nie zdziesiątkowały flot Quarian, muszą dostać się do centrum operacyjnego, są one połączone w jedną sieć.
Docierają do konsoli, lecz sygnał jest zabezpieczony. Z tego miejsca nie ma możliwości go wyłączenia. Być może uda się go wyłączyć z rdzenia napędu, tam sygnał jest najsilniejszy. Przedzierają się do rdzenia cały czas, są pod odstrzałem Gethów.
Będąc już na miejscu, Shepard znajduję Legiona. Prosi o pomoc. Tali podważa lojalność Legiona. Sugeruje, że Żniwiarze mogli go wziąć na swoją stronę lub z hakowali go. Decyzja należy do gracza czy zaufa Legionowi, czy nie. Legion jest wykorzystywany do przesyłania rozkazów wszystkim Gethom naraz. Należy usunąć Legiona z rdzenia, by nie przesyłał dalej danych. W tym celu Shepard usuwa blokady sprzętowe.
Gethy takie jak Legion zawarły sojusz ze Żniwiarzami. Pozostałe rasy je odrzuciły. Obrona Pancernika została wyłączona, następuje atak ze strony Quarian, ale w środku jest Shepard wraz z drużyną, również walczy z Gethami o przetrwanie. Admiralicja atakuje pancernika. W hangarze nie ma promów, ale są statki Gethów, którym mogą uciec. Udało się uciec Komandorowi i reszcie oraz dostać się na Normandię. Shepard zdaje raport Hackettowi. Quarianie, zamiast wycofać bezpiecznie flotę, zaczęli atakować pancernik z Shepardem na pokładzie.
Od gracza jest zależne czy Admirał zarządzający ciężką flotą poniesie konsekwencję, Shepard go uderzy i wyrzuci z Normandii czy przyjmie jego dowodzenie i rozkazy.
Shepard broni Legiona przed Quarianami, gdyż pomógł im na Pancerniku. Quarianka jest zafascynowana nim i chce go zbadać, Shepard może wyrazić na to zgodę lub od razu powiedzieć nie.
Komandor dostał informację, że na ojczystej planecie Quarian, Gethy korzystają z technologii Żniwiarzy, a oni oddziałują na nich na krótki dystans z bazy, którą tam mają. Legion wraz z Shepardem odcięli kontrolę długodystansową. Należy lecieć na Rannoch i zniszczyć bazę Żniwiarzy oraz wspomóc Admirała Koris. Admirał poświecił statek celem zniszczenia działa. Nie ma możliwości porozumienia się z nim. Występują zagłuszenia.
Legion przekazuje, że myśliwce Gethów zamierzają zniszczyć osłony Agrostatków Quarian. Gdy quarianie je stracą, będą mieli deficyt żywności i uzbrojenia, a nawet życia. Admirał jest doskonały obrońcą cywilnych statków. Mimo że działo zostało zniszczone, Gethy zainstalowały działa przeciwlotnicze.
Cortez transportuje oddział i Sheparda na miejsce. Cel to zniszczenie wieży. Przylatując na Rannoch, widzą martwe ciała Quarian i rozbite promy. Przed działkiem przeciwlotniczym znajdują się Gethy. Do jego wyłączenia Shepard wyznacza członka oddziału i broni jego pozycji.
Po drodze spotykają Quariana, wzywał on pomocy, jest ledwo żywy. Stracił dużo krwi. Poświęcił się, by cywile mogli uciec, sam nie jest żołnierzem. Wskazuję na wieżę zagłuszania, gdy ją zniszczą uda się skontaktować z admirałem przez radio. Ponownie wybrany jest  członek drużyny do wyłączenia wieży a Shepard broni jego pozycji.
Po dezaktywacji dział przeciwlotniczych Cortez strzela w wieże i ją niszczy. Udało się skontaktować z admirałem i przekonać do poprowadzenia ludzi w wojnie przeciwko Żniwiarzom. Nikt z załogi admirała nie odpowiedział na jego wezwanie.
Znajdując się na statku, gracz musi podjąć kolejną trudną decyzję. Zniszczyć Gethy, które sprzymierzyły się ze Żniwiarzami, by Quarianie się ich nie pozbyli czy pozostawić je przy życiu. Poza podjęciem decyzji odnośnie do Gethów należy jeszcze zniszczyć Żniwiarza, znajdującego się na planecie. Zniszczenie nastąpi z powietrza przy użyciu zmodyfikowanego lasera, który nie ulegnie zakłóceniom Żniwiarza. Shepard wskazuje cel. Komandor najpierw zajmie się wyłączeniem serwera Gethów. Legion zajmie się środkami przeciwwłamaniowymi systemu, a Shepard usunie Gethy z serwera. Shepard będzie sam podłączony do serwera, ale będzie miał wsparcie Legiona i ochronę swojej drużyny.
Będąc już w serwerze, Protagonista niszczy jego słabe punkty. Cały czas jest w kontakcie z Legionem. Prócz destrukcji słabych punktów Shepard znajdzie skupiska danych. W nich zawarta jest historia Gethów i Quarian na widach. Jak zostali stworzeni. W jakim celu. Dlaczego Quarianie postanowili się ich pozbyć? Dla Legiona moment, w którym Shepard przyjął go do swojej drużyny, był bardzo ważny. Był pierwszą istotą organiczną po wojnie z Quarianami otwartą na Gethy.
Legion sugeruje rozwiązanie. Chce usunąć wpływ Żniwiarzy z Gethów i zjednoczyć je nawet z Quarianami. Shepard idzie do punktu wyjścia, a na zewnątrz serwera nagle wszystkie gethy padają na ziemię. Ich statki nie atakują, zatrzymują się. Agrostatki są bezpieczne, cywile również. Serwer został wyłączony. Legion przeniósł program Gethów z serwera na Gethy znajdujące się na miejscu. Maszyny chcą dołączyć i wspomóc w walce. Legion zdołał przekonać Gethy do przyłączenia się. Do Sheparda dyspozycji są Behemoty.
Ostatnią misją na Rannoch jest zniszczenie bazy Żniwiarzy, którzy kontrolują Gethy. Shepard musi wyznaczyć cel, gdyż na Normandii jest zainstalowany laser celowniczy. Nie ma możliwości zrobienia tego z powietrza, gdyż wieże zakłócające uniemożliwiają zbombardowanie. Zadaniem Legiona będzie wyłączenie systemów obronnych i przygotowanie ucieczki.
Będąc już na planecie, Tali opowiada, gdzie będzie stał jej dom, jak będzie wyglądał. Shepard udaje się do bazy Żniwiarzy. W środku Komandor dostaje wiadomość od Legiona, że zostaje zamknięta osłona wokół bazy. Nowym zadaniem jest udanie się do sterowania osłony. Shepard uruchamia obejście, resztą zajmie się Legion. Musi obejść system zabezpieczeń.
Wyłącznie osłony nie ma możliwości zrobić zdalnie, zatem Shepard dokonuje tego ręcznie za pośrednictwem konsoli. Udało się odtworzyć wrota osłony, nie byłoby możliwości ucieczki. Behemoty bronią wyjścia na zewnątrz. Wychodząc na zewnątrz na półkę, Shepard wyznacza cel. Cel został zlikwidowany, ale wybuch odrzucił Komandora piętro niżej. Pojawił się Żniwiarz, ogromne stworzenie. Legion ratuje Sheparda z opresji. Okazuje się, że to nie była ich baza a żywy Żniwiarz. Kolejny atak ze strony Normandii go powala, ale nie likwiduje. Żniwiarz ma słaby punkt, ale przez zakłócenia trudno go trafić z orbity.
Shepard podejmuje się walki z nim. Robi to po to, by Gethy nie były już pod kontrolą Żniwiarzy. Jeżeli pod nią zostaną, Quarianie zginą. Zostaje połączony system broni Normandii z flotą Quarian, by zestroić się z laserem celowniczym. Priorytetem Komandora jest odznaczenie słabego punktu Żniwiarza i strzelanie w niego laserem, póki nie padnie. Jest on potężny więc potrzeba kilka celnych strzałów, by go pokonać. Ostatkiem sił Żniwiarz rozmawia z Shepardem. Żniwiarz uważa, że istoty organiczne są chaosem a oni ładem. Dlatego muszą być żniwa, wśród rasy organicznej w ten sposób zaprowadzą ład w chaosie. Sądzą, że rasy organiczne czeka zagłada, a oni mogą je ocalić. Żniwiarz został zniszczony, Gethy uwolnione i kolejna ważna decyzja do podjęcia.
Czy gracz powinien, zniszczy Gethy, czy ulepszyć je za pośrednictwem Legiona, nie poświęcając ich niezależności. Będą miały wolną wolę, byliby żywi, każda jednostka posiadałaby inteligencję i odwdzięczyliby się w walce ze Żniwiarzami. Shepard musi przekonać Quarian, że to, co zrobili w przeszłości, odnośnie do Gethów popchnęło ich do buntu i sojuszu ze Żniwiarzami, by przeżyć. Legion ma problem z przesłaniem danych. Poświęca się i przeprogramuje Gethy, oddaje im swoją inteligencję. Gethy proponują Quarionom, pozostanie na ich ojczystej planecie, a samemu Legionowi, Gethy oddadzą cześć. Dodatkowo Gethy wesprą budowę Tygla i obronę Ziemi.
Podczas rozmowy Tali z Shepardem o przyszłości na chwile ściąga maskę. Rannoch ma atmosferę, którą Quarianie mogą oddychać. Oczywiście nie widać jej twarzy. Przez wszystkie trzy części Mass Effect twarz Quarian pozostaje tajemnicą.
Przebywają na Normandii z Shepardem, kontaktuje się radna Asari. Chce z nim porozmawiać, lecz nie przez niezabezpieczony kanał komunikacyjny. Spotkanie następuje na Cytadeli, w dawnym gabinecie Udiny. Nadal są zbierane dane odnośnie do zdrady i zamachu stanu. Radna Asari może coś wiedzieć o katalizatorze, który potrzebny jest do Tygla, broni przeciwko Żniwiarzom. Na planecie Thessia, ojczystej planecie Asari, znajduje się artefakt, o którym wiedzą tylko najwyżej postawione członkinie rządu. Może on pomóc w odnalezieniu katalizatora.
Radna Asari wysłała tam już grupę badaczek. Shepard ma się z nimi spotkać. Udaje się do świątynki wskazanej przez Radną. Jest pewien problem Thessie, zaatakowali Żniwiarze i nie ma komunikacji z badaczkami będącymi na miejscu. Komandor leci promem, by zorientować się w sytuacji i odzyskać artefakt. Nie może wpaść w niepowołane ręce, gdyż może to zagrozić galaktyce. Thessia z każdej strony jest atakowana, starają się jej bronić Asari. Komandor wspomaga w walce. Następnie rozmawia z Porucznikiem Kurin. Chce ona znać powód, dla którego naraża Asari i broni wskazanego miejsca. Shepard nie może zdradzić jej szczegółów. Jeżeli w drużynie jest Javik, Proteanin, za pomocą dotknięcia odczyta cechy porucznik i przekona ją do walki. Dodatkowo Shepard wspomina o broni Tyglu. Porucznik przepuszcza ich do kolejnego posterunku i zapewnia wsparcie.
W drodze Komandor i oddział pokonują Grasanty, Kanibale i Banshee. Banshee to zombi stworzone z ciał Asari, a dokładnie Ardat-Yakshi. Poruszają się powoli, jakby odczuwały ból. Posługują się biotyką, posiadają silną barierę i pancerz. Teleportują się podczas walki.
Docierają na posterunek, cały czas walcząc. Pozostał jeden żołnierz Asari, reszta zginęła.
Przejście do świątyni jest zablokowane przez różnego rodzaju zombi, Shepard prosi o wsparcie z powietrza. Komandor z zespołem utorowali drogę do świątyni Athame. Liara stosuje obejście odnośnie do zabezpieczeń.
Bogini Athame była przedstawicielką innej rasy odwiedzającą Thessię. Sprawdzała postęp nad badaniami genetycznymi i biotyką oraz znajomość podstawowych czynności niezbędnych do przeżycia i postępy bioinżynierii. Proteanie wszczepili Asari biotykę, by mogły badać swoją planetę i nie tracić zdrowia. Proteanie ukryli swoją obecność na Thessie, a Athame została przedstawicielką, a pozostali Proteanie jej służkami. Asari zaczęły wyznawać jej doktrynę. Gdy zaczął się kolejny cykl Żniwiarzy, Proteanie zaczęli ukrywać swoją obecność i technologię, ale pozostawili jeden ze swoich archiwów. Ówczesny rząd postanowił go ukryć w świątyni, w której właśnie znajduje się Shepard.
Wewnątrz znajdują się martwe Asari. Nie zostały wyeliminowane przez Żniwiarzy. Gdy w drużynie jest Javika, wyczuje on będących tam wcześniej Protean i rozpozna ich pismo. Shepard wyczuł Proteański nadajnik. Komandor odszukuje ukryte połączenie między posągami i dostaje się do ukrytego archiwum. Ukazuje się Wirtualna Inteligencja Protean walcząca ze Żniwiarzami, która uczestniczyła w budowie Tygla. Shepard chce dowiedzieć się więcej o katalizatorze, lecz Proteanin zwiastuje zagładę obecnego świata. Informuje również o tym, że Tygiel nie jest dziełem Protean, ale jest efektem pracy niekończących się cykli w ciągu milionów lat. Podczas każdego cyklu do Tygla jest dodane coś nowego, jakieś ulepszenie. Jak dotąd nikomu się nie udało pokonać Żniwiarzy. Byli blisko otrzymania pomocy i odpowiedzi, ale pojawił się nagle Kai Leng.
Przekazuje wiadomość od Człowieka Iluzji. Nadal próbuje przekonać Shepard do swoich racji i do tego, że zniszczenie Żniwiarzy nic nie da. Protagonista sądzi, że dane z nadajnika pomogą mu zakończyć wojnę. Shepard zadaje mu proste pytanie, czy Człowiek Iluzja jest z nim, czy przeciwko niemu. Odpowiada mu atakiem za pośrednictwem Kai Lenga i odebraniem danych z nadajnika. Leng nie walczy czysto, obezwładnia członków drużyny Komandora i strzela w podporę świątyni przez to Komandor traci równowagę i wpada w przepaść.
W ostatniej chwili łapie się krawędzi. Leng zabiera nadajnik z danymi i odlatuje. Protagonista zostaje wciągnięty w na chwile przed puszczeniem się krawędzi.
Nagle odzywa się Porucznik Kurin, jej oddział został uwięziony. Nie udało się pozyskać jej współrzędnych przez radio, ponieważ były zakłócenia, a także zaatakował ich Żniwiarz. Już po nich. Nie udało się ich uratować.
Protagonista musi przekazać złe wieści radnej Asari. Jest załamany potoczeniem się misji, stratą danych z nadajnika i utratą ojczystej planety Asari. Shepard chce dopaść Cerberusa i raz na zawsze się ich pozbyć. Udało się namierzyć prom Kai Lenga i prześledzić jego trasę. Zatrzymał się w Układzie Lera. Jedyne co się tam znajduje to sanktuarium dla uchodźców.
Misja ataku na Cerberusa jest ryzykowna. Po pierwsze Żniwiarze zauważą ich obecność, po drugie brakuje tylko katalizatora przy Tyglu broni przeciwko Żniwiarzom, długo nie będzie on bezpieczny, po trzecie atak na Cerberusa będzie początkiem ataku na Ziemię.
Shepard ma sen, ponownie z chłopcem, którego próbuje dogonić w lesie. Biegnąc, widzi cienie, znajdujące się po obu stronach ścieżki, która prowadzi przez las. W oddali chłopiec dobiega do komandora i wtula się w niego, po czym obydwoje płoną. Budzi się z koszmaru.
EDI zgłasza się do drużyny Sheparda ze względu na to, że w swojej bazie Cerberus ma ulepszone zabezpieczenia, które może obejść. Ze wsparciem piątej floty docierają do siedziby Cerberusa. Ich celem na początek jest centralne laboratorium. Lądują z impetem i pod osłoną walczą z żołnierzami Cerberusa. Hangar zostaje zamknięty, nawet EDI nie udaje się go otworzyć, ale ma dostęp do kontroli startu myśliwców. EDI ustawia myśliwiec na drzwi hangaru i uruchamia silniki. Maszyna startuje i uderza.
Dostępne jest przejście. Centralne laboratorium znajduje się za hangarem. EDI pokonuje zabezpieczenia. Schodzą niżej i do ataku przystępuje również Nemesis – to snajper, posiada minimalny pancerz i wyposażona jest w czerwony laser celowniczy. Ukrywa się, ale po oddaniu strzału zdradza swoją pozycję. W kolejnym pomieszczeniu znajduje się konsola a na niej projekt Łazarz, czyli wskrzeszenie Sheparda.
Ogląda nagrania, z których dowie się o swojej śmierci klinicznej mózgu. Przez to wątpi w swoje jestestwo. Myśli, że jest Zaawansowaną Technicznie Wirtualną Inteligencją Sheparda. Hełm, który miał utrzymał jego mózg w stanie nienaruszonym. Człowiek Iluzja dobrze ocenił Sheparda, a z kolei jego intuicja podpowiadała mu, żeby nie ufał Cerberusowi, ale potrzebował ich pomocy. Postęp przy ożywianiu Komandora poszedł naprzód, zatem Człowiek Iluzja gromadził dla niego odpowiednią załogę.
W następnym pomieszczeniu znajdują się kolejne nagrania z rozmowy lekarza z Człowiekiem Iluzją. Tym razem rozmawiają o EDI. Cerberus próbował zniszczyć Normandie, ale EDI postanowiła zalać ich serwery zettabajtami danych i im się to nie udało.
Kolejne pomieszczenie i kolejny wid z rozmową Człowieka Iluzji z Kai Lengiem, m.in. o Shepardzie, że są do siebie podobni i o zdradzie Udiny. Kai Leng miał zająć się Radą, ale Shepard popsuł mu szyki. Dodatkowo Komandor miał za zadanie według Człowieka Iluzji zająć się Żniwiarzami, póki on nie skończy badań.
W ostatnim nagraniu rozmowa tycz się katalizatora i możliwości kontroli Żniwiarzy. Przechodząc dalej, Komandor znajduje pozostałości z ludzkiego Żniwiarza. Pokonanego podczas misji samobójczej w poprzedniej części. Prawdopodobnie Cerberus używa centralnego rdzenia jako źródło energii.
Razem z drużyną postanowili go zniszczyć. Docierają na górę i oglądają kolejne nagranie odnośnie do Graysona uzależnionego od czerwonego piasku. Posiada fizyczne ulepszenia i jest pod kontrolą Żniwiarzy. Grayson był obiektem badań Cerberusa. Testują na uchodźcach implanty, by móc ich kontrolować. Po serii nie powodzeń Człowiek Iluzja stracił chęci dalszych prac, na duchu podtrzymała go lekarka prowadząca badania.
Na końcu ścieżki, w sercu bazy znajduje się pomieszczenie, w którym rozmawiał Shepard z Człowiekiem Iluzja. Pozostały tylko monitory i krzesło, na którym siedział. Komandor próbuje znaleźć potrzebne dane. W miejscu, w którym wcześniej Shepard z nim się kontaktował, pojawia się Człowiek Iluzja. Nie daje się on przekonać, by oddać dane odnośnie do katalizatora. Uważa, że zniszczenie Żniwiarzy byłoby błędem, natomiast Protagonista chce się ich pozbyć.
W międzyczasie EDI udało się odzyskać archiwum Protean. Okazuje się, że katalizatorem jest Cytadela, w połączeniu z Tyglem pokona Żniwiarzy. Człowiek Iluzja uprzedził Żniwiarzy i teraz oni chcą przenieść Cytadele w przestrzeń kontrolowaną przez nich. Przy próbie wyjścia pojawia się Kai Leng. Shepard ma za zadanie przenieść Cytadelę i Tygiel na Ziemię, celem pokonania Żniwiarzy.
Admirał Hackett przybywa na Normandię. Sprawdza gotowość pozostałych flot walczących przeciwko Żniwiarzom. Hackett wygłasza przemówienie m.in. o tym, że nigdy w historii nie zdarzyło się, by ktoś połączył siły z całej galaktyki i miał takiego wroga jak Żniwiarze. Będą stawiać opór mimo wszystko i walczyć o każde miasto. Zwyciężą.
Następnie Shepard rozmawia z Andersonem. Cytadela, która jest obecnie na Ziemi, jest zamknięta, by połączyła się z Tyglem, musi być otwarta. Cytadela jest otoczona działami Hades, należy je zniszczyć bronią ciężką oddziałem naziemnym. Gdy zostanie zniszczone działo, grupa Młot wyląduje i założy bazę operacyjną.
Komandor musi dostać się do wnętrza Cytadeli, w tym celu wykorzysta promień do transportu żywych i martwych ciał, stworzony przez Żniwiarzy. Komu uda się dotrzeć jako pierwszy do wnętrza Cytadeli ma spróbować znaleźć i włączyć sterowanie ramionami Cytadeli. Gdy ramiona będą już otwarte, nastąpi transport Tygla pod eskortą.
Przez przekaźnik masy Shepard rusza na Ziemię. Wszystkie floty są w stanie gotowości i czekają na rozkaz. Zaczyna się atak na Żniwiarzy. Joker salutuję Komandorowi i życzy powodzenia, po czym dostarcza go na Ziemię, manewrując między sojusznikiem a wrogiem.
Komandor i jego zespół lądują na Ziemi promem z Cortezem. Nie ma możliwości wylądowania bezpośrednio przy Hadesie, zatem część drogi pokonują pieszo. Shepard każe Cortezowi odlecieć i da mu znać, jak zniszczą działa. Cortez oberwał i musiał awaryjnie lądować, nic mu się nie stało. We wraku znajduje się broń ciężka M-920 Kain przeznaczona do zniszczenia Hadesu. Cel i pal.
Nadlatuje prom ratunkowy. Na promie jest Anderson. Wyjaśnia sytuacja, jaka panuje na Ziemi. Komandor kieruje się z nim do centrum dowodzenia. Major Coats przypomina Shepardowi, że jest on bohaterem i swoją obecnością podnosi morale.
Po drodze na spotkanie w centrum dowodzenia Shepard rozmawia z każdym członkiem swojej drużyny. Poprzez terminal z byłymi członkami drużyny, którzy zadeklarowali wsparcie w wojnie przeciwko Żniwiarzom. Jeżeli Protagonista miał romans z Liarą, będzie miała prezent. Połączy swoją świadomość ze świadomością Sheparda. Wrex wygłasza mowę motywującą do walki dla Krogan. Odbywa się spotkanie, na którym będzie obmyślana strategia działania. Komandor musi się dostać do promienia, ale droga do niego nie jest prosta.
Przedostanie się do niego jest możliwe tylko poprzez terytorium kontrolowane przez Żniwiarzy. Głównym celem na tę chwilę jest zniszczenie niszczyciela, który chroni promień. Droga powietrzna nie jest brana pod uwagę, należy go zniszczyć drogą lądową.
Shepard wybiera członków drużyny i przemawia do nich. Pierwszy etap jest przemierzenie ziemi niczyjej. Drugi etap oczyszczenie fortyfikacji Żniwiarzy. Trzeci etap zabezpieczenie baterii pocisków. Promień zakłóca naprowadzenie pocisków.
EDI sugeruję, że można skorzystać z systemów Normandii w celu zwiększenia celowości pocisków. Edi udało się ustabilizować systemy i czwartym etapem jest użycie modułu sterowania pociskami i zniszczenie Żniwiarza blokującego drogę.
Za pierwszym razem nie udało się go trafić. Kolejna próba, Żniwiarz jest coraz bliżej. Trafiony i osłabiony, wsparcie atakuje go z każdej strony. Niszczyciel Żniwiarz został pokonany. Zwiastun i Żniwiarze klasy Suwerena zbliżają się do pozycji Sheparda. Trzeba szybko dostać się do Cytadeli i otworzyć jej ramiona celem umieszczenia Tygla.
Prom, którym leciał z zespołem w pobliżu celu, został trafiony. Droga jest dostępna jedynie piechotą do Cytadeli. Żniwiarz zauważył działania Komandora i ustawił się za obiektem. Członek drużyny został ranny, Shepard odsyła go do leczenia.
Pozostaje sam wraz z innymi żołnierzami Przymierza i Andersonem. Żniwiarz uderza, żołnierze się wycofują, myśląc, że nikt nie przeżył. Shepard ma wysoki instynkt przetrwania, ostatkiem sił idzie do Cytadeli. Shepard dostał się do Cytadeli, ale nie jest sam, razem z nim jest Anderson tylko z innej strony. Muszą przedostać się do centrum sterownia. Komunikują się ze sobą i próbują znaleźć miejsce docelowe. Otoczenie jest ciemne, pełne ciał. Żniwiarze wykorzystują je do tworzenia armii zombi. Anderson jako pierwszy dotarł do konsoli.
Nagle pojawia się Człowiek Iluzja. Przejął kontrolę nad ciałem Sheparda i Andersona. Człowiek Iluzja sądzi, że należy kontrolować Żniwiarzy, by móc się dalej rozwijać. Shepard twierdzi, że to błąd, ludzkość nie jest na to gotowa. Człowiek Iluzja uważa, że Anderson nie patrzy, jakie ma duże możliwości, tylko patrzy na świat przez pryzmat celownika karabinu. Anderson wraz z Shepardem stwierdzili, że Człowiek Iluzja jest zindoktrynowany. Próbują go przekonać do walki, do odzyskania kontroli. Stwierdził, że jest już za późno, próbował, po czym popełnił samobójstwo. Udaje się odzyskać kontrolę, otworzyć Cytadelę i wpuścić Tygiel do środka. Shepard siada razem z Andersonem, zdążył tylko powiedzieć, że jest z niego dumny, po czym umiera.
Komandor traci przytomność i wnosi się na samą górę Cytadeli. Obudziwszy się, widzi dziecko. Dziecko przedstawia się jako Katalizator. Katalizatorem nie jest Cytadela, jest jej częściom. Dziecko mówi, że Żniwiarze są jego rozwiązaniem na chaos. Gdyż zawsze twory buntują się przeciwko stwórcy. Zbierają zaawansowaną cywilizację, pozostawiając młodszą w spokoju.
Ostatnio tak zrobili z ludźmi, celem przeniesienia ich na wyższy poziom przechowując stare życie w formie Żniwiarzy. Cykl został stworzony, po to by istoty syntetyczne nie zniszczyły istot organicznych. Katalizator to tak naprawdę konstruktor, inteligencją stworzoną do rozwiązania problemu. Miał on przywrócić równowagę i pokój między istotami syntetycznymi a organicznymi. Jest zbiorową inteligencją wszystkich Żniwiarzy. Żniwiarz jest syntetyczną wersją stwórców katalizatora. Konstruktor został stworzonych przez Lewiatan.
Nadzorował stosunki między istotami organicznymi a syntetykami. Tygiel w połączeniu z przekaźnikiem masy i Cytadelą daje ogromne źródło energii. Shepard jako pierwsza istota organiczna dotarła do konstruktora, przez to stworzyły się nowe możliwości.
Do wyboru są trzy możliwości zakończenia gry. Pierwszy zniszczenie Żniwiarzy, gdzie sami również zostaną unicestwieni, bo Tygiel nie rozróżnia istoty syntetycznej od organicznej. Cykl znowu się powtórzy. Drugim wyjściem jest kontrola Żniwiarzy. Tak jak próbował tego Człowiek Iluzja, lecz Shepard utraci wszystko, co ma. Straci ciało, ale wspomnienia i myśli będą nadal trwać. Ostatnią możliwością jest Synteza. Shepard połączy się z Tyglem. Połączy istoty syntetyczne z organicznymi. Stworzy nowe DNA. Istoty się nawzajem zaczną rozumieć i uzupełniać. Jest to idealne rozwiązanie. W przeszłości nie było takiej istoty jak Shepard która mogłaby dokonać Syntezy. Próbowali, lecz nieskutecznie. Jeżeli gracz wybierze Syntezę, cykl zostanie zakończony, nie będzie już więcej zbiorów, a cywilizację, które przechowują Żniwiarze, zostaną połączone ze wszystkimi.
Jest jeszcze jedno zakończenie gry Mass Effect. Shepard odmawia Konstruktorowi, wszystkich trzech rozwiązań, które zaproponował lub strzela do niego. Gdy to zrobi, Żniwiarze wygrają i zniszczą wszystkie galaktyki oraz cykl będzie kontynuowany.